Aprendizaje máquina

Estudio de algoritmos de computadora que mejoran automáticamente aplicado a enfermedades que afectan a la producción de cultivos.

Un tema que ha ocupado la atención de la humanidad es el de la producción de alimentos y ésta vista desde varias perspectivas: la calidad de la semilla, el proceso de producción, las enfermedades que afectan la productividad, el efecto del clima y el lugar; entre otras perspectivas. 

Como un aporte a la situación anterior, este trabajo presenta la aplicación de una de las disciplinas de la inteligencia artificial, conocida como aprendizaje máquina, la cual consiste en el estudio de algoritmos de computadora que mejoran automáticamente a través de la experiencia. Este tipo de aprendizaje ha sido utilizado en aplicaciones desde la minería de datos que descubren las reglas en grandes conjuntos de datos, hasta sistemas de filtración de información que automáticamente aprenden los intereses de los usuarios.

Como un caso en particular la Coorporación Bananera Nacional en Costa Rica (Corbana) cuenta con estaciones que miden variables meteorológicas Entre las variables medidas por estas estaciones están: temperatura, precipitación, humedad, velocidad del viento, entre otras.

En Corbana están interesados en relacionar esto con la propagación de una enfermedad que afecta su producción, dicha enfermedad es la sigatoka.  Para este fin, la organización registra semanalmente en varias de sus fincas las siguientes variables relacionadas con dicha enfermedad: estado de evolución, severidad Hoja 2, severidad hoja 3, entre otras. Con dicha información y utilizando el aprendizaje máquina se desean realizar predicciones que ayuden a los expertos en la materia a tomar decisiones al respecto.

Se han aplicado varios algoritmos de aprendizaje máquina con los datos disponibles y se están obteniendo unas primeras conclusiones que serán afinadas con el pasar del tiempo.

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Imagen con fines ilustrativos
Jun 2021
Unidad participante

Identificación biocomputacional de mecanismos de compensación de dosis génica como posibles blancos contra cáncer aneuploide

Equipo de Trabajo

Nombre
Rol
Escuela
Rodrigo Mora Rodríguez
Coordinador
UCR
Michael Kesling
Investigador
UCR
Cindy Calderón Arce
Investigadora
Matemática
Juan Luis Crespo Mariño
Investigador
Mecatrónica
Andrés Segura Castillo
Investigador
UNED
Man Sai Acón Chan
Investigador
UCR
Guillermo Oviedo Blanco
Investigador
UCR

Este trabajo tiene como objetivo identificar los factores que son responsables por el mecanismo de compensación de dosis génica en cáncer aneuploide. Para lograr esto proponemos el desarrollo de una nueva plataforma computacional-experimental para modelar las redes de proteínas y ARNs responsables de éste mecanismo. Nuestros hallazgos preliminares utilizando un set de datos reducido sugieren que existen alrededor de 50 genes regulados y que este mecanismo puede ser mediado por una red de miRNAs y factores de transcripción con propiedades de sistemas no lineales, lo que ya ha sido reportado como circuito de adaptación a cambios en dosis génica (Bleris et al, 2011).

Además, exploraremos las propiedades de interacción de estos genes con lncRNAs (ARNs no codificantes de cadena larga), los cuales han sido reportados ampliamente en fenómenos de compensación de dosis génica (Rinn & Chang, 2012). Proponemos entonces el desarrollo de una plataforma biocomputacional para identificar mecanismos de compensación de dosis génica: i) integrando múltiples fuentes de datos de cáncer, ii) desarrollar programas de computación orientados a la identificación de factores que median este mecanismo y iii) modelar matemáticamente y simular estos sistemas para identificar blancos óptimos contra el cáncer. Los candidatos identificados por esta plataforma serán probados de manera experimental utilizando inhibidores de miRNAs (anti-miRs) para confirmar su potencial utilización como terapias contra cáncer.

Entidad financiadora:

Consejo Nacional de Rectores de Costa Rica (CONARE). Convocatoria 2017 de Proyectos de Investigación con Recursos del Fondo del Sistema (FEES)

Entidades participantes:

  • Laboratorio LIANA (TEC)
  • Laboratorio Quimiosensibilidad Tumoral (UCR)
  • Laboratorio de Investigación e Innovación Tecnológica (UNED)

 

Identificar a nivel computacional las redes de regulación de miRNAs y lncRNAs involucrados en el fenómeno de compensación de dosis génica en cáncer aneuploide y evaluar su potencial como blanco terapéutico mediante su inhibición en modelos experimentales del panel NCI60.

Una flor roja

Se estima que hay cerca de 400.000 especies de plantas en nuestro planeta. En Costa Rica, se han identificado alrededor de 11.000 especies y se espera que exista un total de cerca de 12.000 especies.

La identificación de plantas es fundamental para varios ámbitos, entre estos:

  • Estudios de riqueza biológica de una región.
  • Inventarios biológicos.
  • Monitoreo de poblaciones de plantas y animales en peligro de extinción.
  • Estudio de mpacto del cambio climático en los bosques.
  • Modelos de especies invasoras.

Costa Rica no solo tiene una biodiversidad extraordinaria (aproximadamente el 4% de la biodiversidad mundial) sino que también se ha distinguido por el uso innovador de la tecnología de la información dedicada a la conservación de la biodiversidad, y también por sus parques nacionales de conservación, que es un modelo a seguir en todo el mundo.

Sin embargo, la identificación de especies de plantas es un proceso que normalmente requiere el conocimiento y uso de claves dicotómicas, claves interactivas o simplemente la experiencia de un experto. Esto hace que el proceso sea tedioso, ineficiente y propenso a errores.

Nuestro objetivo es apoyar la identificación eficiente y semiautomática de las especies de plantas de Costa Rica, con base en sus imágenes de plantas. Estamos trabajando en la creación de nuevas funciones de pérdida que tengan en cuenta la taxonomía de las plantas, como una jerarquía en arquitecturas de aprendizaje profundo de etiquetas múltiples. Esto se debe a que la taxonomía tiene varios niveles, como especies, géneros, familias, de tal manera que podemos clasificar no solo en un nivel sino en varios. Estamos trabajando en nuevas capas de pérdida que utilizan este conocimiento previo para calcular la pérdida.

Categoría: 
Órganos Superiores

Para sesionar bajo la modalidad de consulta formal, el Directorio de la Asamblea Institucional Representativa (D.A.I.R.) deberá cumplir las siguientes condiciones:

1. Se podrán tratar los siguientes temas, de acuerdo a las funciones del D.A.I.R. definidas en el Reglamento de la Asamblea Institucional Representativa (R.A.I.R.) Artículo 71:

  • Realizar modificaciones de forma a las propuestas base, a las mociones y a los textos ya aprobados con el fin de corregir el estilo y dar coherencia a los acuerdos tomados por la asamblea.
  • Aprobar modificaciones a la agenda posteriores a su publicación, por iniciativa propia o propuestas por los integrantes de la Asamblea cuando medien razones para ello. 
  • Integrar propuestas base y mociones de fondo complementarias, en una propuesta base conciliatoria, buscando reducir el número de mociones de fondo. La nueva propuesta que se genere mediante este proceso de integración se constituirá en la propuesta base a discutir en la sesión.
  • Resolver los asuntos no previstos expresamente en este Reglamento o que suscitaren duda, con base en normas de buena hermenéutica y con el objeto de cumplir a cabalidad con los fines de la Asamblea.

2. Los acuerdos serán tomados por el voto afirmativo de la mayoría de los miembros participantes, salvo en aquellos casos en que el Estatuto Orgánico o el R.A.I.R., dispongan algo diferente y el quórum, o cantidad mínima de participantes necesaria para que el D.A.I.R. pueda tomar acuerdos válidos, será el 50% de sus integrantes.

3. En consulta formal, el D.A.I.R. podrá sesionar como máximo dos (2) veces por semana y la sesión podrá permanecer abierta por un máximo de dos (2) días hábiles, la consulta deberá hacerse, al menos, con un (1) día hábil de anticipación al inicio de la votación.

4. La consulta deberá ser realizada utilizando los medios de comunicación formales establecidos por la institución (correo electrónico institucional o memorandos).

Los miembros del D.A.I.R. deben responder en el plazo establecido por la misma vía.

Si existen problemas con los sistemas electrónicos institucionales, la consulta se realizará por medios formales impresos.

   La hora de cierre de la consulta formal será según la hora de la plataforma web del ITCR.

5. Solo se podrán tomar acuerdos sobre asuntos en trámite ante órganos del Instituto u organizaciones externas que requieran un pronunciamiento urgente por parte de este órgano, conforme a cronogramas establecidos por dichos entes o sobre aquellos temas que, conforme a los reglamentos institucionales, estén expresamente autorizados para ser resueltos por esta modalidad.

6. El tema sometido a conocimiento y resolución por parte del DAIR debe ser conocido por sus integrantes de manera individual, sin que se requiera sesionar en forma plenaria para decidir sobre el asunto objeto de consulta.

7. La presidencia gestionará los asuntos que se tramitarán por esta vía y deberá poner a disposición de los miembros del D.A.I.R., al momento de la convocatoria, la documentación necesaria para tomar la decisión.

8. Para emitir el voto, se podrán utilizar los medios formales, convencionales o electrónicos, que el DAIR establezca en sus normas internas de funcionamiento.  

9. En este tipo de modalidad la votación es irrevocable. Todo intento posterior de cambiar el voto será inválido.

10. El resultado de la consulta se consignará en un acta en la que se debe indicar el asunto consultado, la forma de convocatoria y el resultado de la votación.

A este documento se deberá adjuntar los comprobantes de participación de los miembros del D.A.I.R. que tomaron parte en la consulta.

Esta normativa deroga la anterior y cualquier otra norma que se lo oponga

Modificado en la sesión extraordinaria 481-2018, del Directorio de la AIR, el miércoles 31 de octubre del 2018.

Última modificación
Fecha: 

"Feliz de aprender en el TEC el español como segunda lengua"

Lo invitamos a que lea este reportaje sobre un estudiante que aprende español en el TEC, su experiencia y motivación. También sobre los 15 años del Programa Intercambio Cultural para el Aprendizaje del Español como Segunda Lengua. La coordinadora María Gabriela Amador Solano cuenta su experiencia en estos 15 años.

https://www.tec.ac.cr/hoyeneltec/2019/07/24/bryan-cruz-estudiante-estadounidense-feliz-aprender-tec-espanol-segunda-lengua